Biologia Molekularna

1. Transkrypcja genów w komórkach organizmów eukariotycznych zachodzi w

euchromatynie

2. Jednym z etapów klonowania DNA w wektorze kosmidowym jest tworzenie konkatameru, który stanowi

długa cząsteczka DNA zawierająca lewe i prawe ramię wektora lambda, miejsce cos i insert DNA.

4. Który element nie jest charakterystyczny dla regulacji ekspresji genów u eukariota

obecność operonów

5. Konkatamer to cząsteczka DNA powstająca podczas klonowania w wektorze

fagowym lambda

6. Do modyfikacji potranslacyjnych występujących u drożdży NIE zalicza się

izopentylacji.

7. Cząsteczki DNA w temperaturze 95°C ulegają

denaturacji

8. Aby zapobiec niespecyficznemu powstawaniu wiązań S-S podczas oczyszczania białek stosuje się

Słabe kwasy

9. Doświadczenie Griffith’a udowodniło, że

Nośnikiem informacji genetycznej jest kwas DNA.

11. Synteza nici komplementarnej DNA w metodzie PCR odbywa się w temperaturze

72°C

12. Wskaż zdanie FAŁSZYWE. Operon arabinozowy...

do prawidłowego działania wymaga wyłącznie obecności kompleksu białko CAP-cAMP

13. Podczas dojrzewania preRNA mogą zachodzić następujące procesy

Wycinanie intronów oraz modyfikacje chemiczne (np. metylacja)

14. Izolacja ciał inkluzyjnych u E. Coli wymaga

wszystkie odpowiedzi (a, b i c) są prawidłowe.

15. Transkryptom definiuje się jako

Obecne w komórce cząsteczki RNA kodujące białka.

16. Sekwencjonowanie metodą terminacji łańcucha wymaga matrycy jednoniciowej DNA, który najlepiej sklonować w wektorze

M13

17. Piperydyna jest stosowana w metodzie sekwencjonowania DNA poprzez chemiczną jego degradację w celu

usunięcia zmetylowanego pierścienia guaniny i przecięcia wiązania fosfodiestrowego bezpośrednio przed miejscem pozbawionym zasad azotowych.

18. Strategia klonowania DNA w wektorze chromosomowym pYAC3 polega na wprowadzeniu insertu DNA do wektora w obrębie genu

SUP4

19. Erwin Chargraf badał DNA z różnych organizmów i wykazał, że

ilość adeniny w danym organizmie jest równa ilości tyminy, a ilość guaniny ilości cytozyny

20. System CRISPR/Cas składa się z

crRNA: tracrRNA: Cas9 i sgRNA: Cas9

21. Które z zaprezentowanych poniżej zestawów związków chemicznych są interkalatorami (wybierz taki zestaw w którym wszystkie związki są interkalatorami)

Bromek etydyny, SybrGreen, DAPI

22. Które z wymienionych zestawów enzymów uczestniczą w procesie replikacji DNA w E. coli

Prymaza, polimeraza III, helikaza

24. Który z zaprezentowanych zestawów kodonów startowego i stopu jest prawidłowy?

Kodon start: AUG, kodony stop: UAA, UAG, UGA

25. Zastosowanie którego rodzaju starterów w reakcji RT-PCR zapewnia reprezentację sekwencji wszystkich rodzajów RNA

Losowe heksamery

26. Fragment Klenowa (polimerazy I DNA) nie posiada właściwości

5’ -> 3’ egzonukleazy

28. Stosując terminalną deoksynukleotydylo-transferazę można

dobudować ogony homopolimerowe na końcach fragmentów DNA

29. Podstawową i obecnie stosowaną metodą służącą do izolacji całkowitego RNA jest metoda

Chomczyńskiego

30. W genomie jądrowym DNA genowy stanowi

25%

31. Do metod edytowania genomu NIE należy

metoda RFLP

32. Który z funkcjonalnych RNA stanowi matrycę do syntezy białek?

informacyjny RNA

33. W metodzie Southern Blot stosujemy denaturację, by otrzymać

ssDNA

34. Których z następujących sekwencji nie można stosować jako miejsc znaczonych sekwencyjnie (tzw. STS)

polimorfizmów długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP)

36. Proces odwrotnej transkrypcji polega na przepisaniu informacji genetycznej w postaci sekwencji nukleotydów

z mRNA na cDNA

37. Średnia wielkość powtórzeń tandemowych dla mikrosatelitów wynosi do

13bp

38. Uzyskiwanie ludzkich białek terapeutycznych metodą rekombinacji materiału genetycznego wymaga wektora zawierającego

promotor rozpoznawany przez polimerazę RNA

39. Mikrosatelity stosuje się powszechniej niż minisatelity jako markery DNA, ponieważ

mikrosatelity są obecne w całych genomach eukariotycznych i można je łatwo amplifikować za pomocą PCR.

40. Sekwencjonowanie DNA metodą terminacji łańcucha wymaga

czterech dideoksynukleotydów (ddNTP)

41. Gen oporności na ampicylinę koduje enzym

beta-laktamazę

42. Jak wyznakowane są różne nukleotydy (A, C, G lub T) w reakcji sekwencjonowania metodą terminacji łańcucha?

Każdy dideoksynukleotyd wyznakowany jest innym barwnikiem fluorescencyjnym.

43. Otwarta ramka odczytu (ORF) rozpoczyna się kodonem inicjacyjnym ATG kodującym aminokwas metioninę. Który z poniższych zestawów kodonów w DNA przedstawia prawidłową sekwencję trzech kodonów stopu w ORF?

TAA, TAG, TGA.

44. Jakie rodzaje wiązań łączą ze sobą poszczególne nukleotydy w DNA

fosfodiestrowe.

45. Enzymy restrykcyjne klasy II

Rozpoznają fragment sekwencji DNA i ją przecinają w miejscu rozpoznawanym.

46. Zasadami purynowymi NIE JEST (lub nie są)

cytozyna i tymina

47. W środowisku zasadowym kwasy DNA i RNA ulegają

denaturacji.

48. Odwrotna transkryptaza wykorzystywana jest najczęściej w procesie syntezy

cDNA

49. Analiza polimorfizmów RFLP polega na

Zastosowaniu enzymów restrykcyjnych i sondy molekularnej obejmującej miejsce restrykcji.

50. W komórkach drożdży za rozpoznanie i kierowanie nieprawidłowo sfałdowanych białek do kanałów błonowych ER odpowiada

EDEM 1 i 2

51. W procesie konstruowania starterów flankujących w metodzie PCR stosuje się następujący warunek

stosunek zasad C+G do A+T w cząsteczce startera powinien być jak najbliższy 50%.

52. Mapa genetyczna rzadko wystarcza do kierowania sekwencjonowaniem genomu, gdyż

żadne ze stwierdzeń wymieniona w odpowiedziach a, b i c jest nieprawidłowe.

53. Które z następujących markerów genetycznych są obecne w największej liczbie w genomie człowieka?

Polimorfizmy punktowe SNP.

54. W celu określenia ekspresji genu metodą RT-PCR należy najpierw wyizolować z tkanek

mRNA, a następnie wykonać odwrotną transkrypcję mRNA do cDNA, a później PCR

55. Cząsteczki miRNA uczestniczące w wyciszaniu genów powstają w wyniku działania enzymu

DICER

56. Wektor plazmidowy pUC19 posiada następujące geny selekcyjne

Gen oporności na ampicylinę i gen IacZ

57. Która z poniższych polimeraz RNA uczestniczy w procesie transkrypcji genów eukariotycznych?

polimeraza RNA II

58. Inżynieria genetyczna posiada zastosowanie w

Produkcji niektórych hormonów i białek.

59. W wektorze pBR322 genem selekcyjnym jest

gen oporności na tetracyklinę.

60. Metoda Northern Blot służy do badania

ekspresji mRNA

62. RT-PCR jest metodą wykorzystywaną w badaniach

poziomu mRNA w komórkach lub tkankach

63. Który z wymienionych biologów molekularnych przyczynił się do wyjaśnienia procesu replikacji DNA

Kornberg

64. Metoda PCR-FRLP służy do analizy

polimorfizmów sekwencji DNA

65. Cząsteczki mikro RNA (miRNA) syntetyzowane są na matrycy DNA przez polimerazę II (Pol. II). W procesie tym najpierw powstają cząsteczki

Pri-miRNA

66. Selekcja bakterii zawierających wektor pUC19 z insertem polega na izolacji kolonii

koloru białego, rosnących na podłożu z dodatkiem ampicyliny.

67. Polimeraza Taq wykorzystywana jest w laboratoriach do

Amplifikacji DNA w metodzie PCR

68. W genomie człowieka zidentyfikowano znaczną liczbę polimorfizmów RFLP jest ich

100 000

69. W metodzie RT-PCR skrót RT oznacza

proces odwrotnej transkrypcji.

70. Wprowadzenie plazmidowego DNA do komórki bakteryjnej nazywamy procesem

transformacji

71. Metoda Southera służy do analizy

DNA

72. Czystość wyizolowanego DNA można ocenić obliczając iloraz

absorbancji A260 do absorbancji A280

73. W procesie wyciszania ekspresji genów bierze udział siRNA. Ta dwuniciowa cząsteczka wiąże się z

kompleksem białek argonautowych (Ago)

74. Jedną z metod ochrony DNA bakteryjnego przez działaniem endonukleazy restrykcyjnej jest

matylacja DNA

75. Meselson i Stahl w 1958 roku wykazali, że replikacja DNA jest procesem semikonserwatywnym, hodując bakterie najpierw na podłożu z dodatkiem N15, a następnie N14 wykazali, że w pokoleniu F2 bakterii pojawiły się

dwa rodzaje DNA: jedna cząsteczka DNA nieznakowanego (N15), druga cząsteczka DNA hybrydowego

76. Którzy z wymienionych genetyków przyczynili się do wykazania, że DNA jest nośnikiem informacji genetycznej

Fryderyk Griffith i Oswald Averey

77. Alfred Hershey otrzymał nagrodę Nobla w 1969 roku za badania potwierdzające hipotezę, że DNA jest materiałem genetycznym. W swoich badaniach wykorzystał

bakteriofagi znakowane izotopami siarki i fosforu

78. Jakość wyizolowanego DNA lub RNA można sprawdzić wykorzystując pomiar absorbancji, a następnie obliczając stosunek

A260/A280

79. Transkryptom komórki definiuję się jako

obecne w komórce cząsteczki RNA kodujące białka (wykład 13-10)

80. Cząsteczki DNA w temperaturze 95°C ulegają

denaturacji (MK-metody 16)

81. Wartość temperatury topnienia oligonukleotydu zależy m.in. od zawartości

par GC w cząsteczce

82. Zasadami purynowymi NIE są

cytozyna i tymina

83. Synteza białek w procesie translacji zachodzi na matrycy

mRNA

84. Erwin Chargraf badał DNA z różnych organizmów i wykazał, że

w cząsteczce DNA ilość zasad A=T, a G=C jest taka sama

85. Który z zaprezentowanych zestawów kodonów startowego i stopu jest prawidłowy?

AUG kodony stop: UAA, UAG, UGA

86. Głównym problemem w komputerowym składaniu sekwencji DNA genomów eukariotycznych jest obecność

intronów i egzonów w genomie?

87. Które z następujących markerów genetycznych są obecne w największej liczbie w genomie człowieka?

SNP

88. Transfer DNA między bakteriami można uzyskać różnymi sposobami. Jaki proces przedstawia zamieszczony schemat?

transdukcję (457)

89. Mapa genetyczna rzadko wystarcza do kierowania sekwencjonowaniem genomu, gdyż

ma ograniczoną dokładność wynikającą ze zjawiska crossing-over (458)

90. Których z następujących sekwencji nie można stosować jako miejsc znaczonych sekwencyjnie (tzw. STS)

polimorfizmów długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP) (472)

91. W genomie człowieka zidentyfikowano znaczną liczbę polimorfizmów RFLP jest ich

1015 (wykład 14-49)

92. Średnia wielkość powtórzeń tandemowych dla mikrosatelitów wynosi do

13bp (wykład 14-56)

93. Schemat zamieszczony poniżej przedstawia jedną z reakcji sekwencjonowania DNA metodą

chemicznej degradacji (493)

94. Jak wyznakowane są różne nukleotydy (A, C, G lub T) w reakcji sekwencjonowania metodą terminacji łańcucha?

każdy deoksynukleotyd jest wyznakowany innym barwnikiem fluorescencyjnym?

95. Piperydyna jest stosowana w metodzie sekwencjonowania DNA metodą degradacji chemicznej w celu

usunięcia zmetylowanego pierścienia guaniny i przecięcia wiązania fosfodiestrowego bezpośrednio przed miejscem pozbawionym zasady azotowej (490)

96. Zastosowanie hydrazyny w jednej z reakcji sekwencjonowania DNA metodą degradacji chemicznej umożliwia przeprowadzenie reakcji na

C oraz C+T

97. Otwarta ramka odczytu (ORF) obejmuje

nukleotydy genu tworzące kodony określające sekwencję aminokwasów w kodowanym białku (wykład 13-13)

98. Celem przeprowadzenia poszukiwań homologii sekwencji DNA jest

ustalenie, czy geny o podobnych sekwencjach są w bazach danych (342)?

99. Dlaczego inaktywacja genu jest użyteczną techniką ustalania jego sekwencji?

inaktywacja genu dostarcza informacji o ekspresji genu

100. W procesie interferencji RNA

krótkie, dwuniciowe cząsteczki RNA powodują degradację cząsteczki mRNA (370)

101. Poniższy obraz krystalograficzny przedstawia strukturę

palca cynkowego typu Cys2His2 drożdżowego białka SWI5 ?

102. Które z poniższych zestawów związków chemicznych są interkalatorami

bromek etydyny, DAPI, SYBR Green

103. Którą z poniższych metod, opartych na migracji fragmentów DNA w żelu w obecności lub przy braku białek, wykorzystuje się do identyfikacji białek wiążących DNA?

analizę spowolnienia migracji w żelu

104. Pierwszym kompleksem białkowym, który u Eukariota wiąże się z promotorem podstawowym genu kodującego białko jest

podstawowy czynnik transkrypcyjny TDIID (MK transkrypcja 49)

105. Która z poniższych polimeraz RNA uczestniczy w procesie transkrypcji genów eukariotycznych?

polimeraza RNA II (MK transkrypcja 54)

106. W procesie sekwencjonowania DNA metodą terminacji łańcucha jednoniciowe cząsteczki DNA najczęściej uzyskuje się poprzez ich klonowanie w wektorze

kosmidowym M13

107. Kolejność etapów jednego cyklu PCR jest następująca

denaturacja DNA, przyłączenie starterów do matrycy DNA, elongacja łańcucha DNA (MK – metody 15)

108. Synteza nici komplementarnej DNA w metodzie PCR odbywa się zwykle w temperaturze

72°C (MK metody 32)

109. Metoda RT-PCR służy do pomiaru

ekspresji genów na poziomie transkrypcji?

110. Reakcja RT przeprowadzana jest w temperaturze

42°C?

111. Które z wymienionych zestawów odczynników jest używany podczas izolacji RNA

tiocyjanek guanidyny, izopropanol, etanol

112. Polimeraza DNA – fragment Klenowa jest enzymem nieposiadającym aktywności

egzonukleazy 5’>3’ (wykład 3-28)

113. Odwrotna transkryptaza jest enzymem posiadającym właściwości

polimerazy DNA wymagającej matrycy RNA (SSRNA) i startera z końcem 3’-OH (177)

114. Nukleaza S1 jest enzymem wykorzystywanym przede wszystkim do

otwierania struktur „szpilki do włosów” (ang. hairpins) podczas syntezy cDNA (189)

115. Terminalna deoksynukleotydylo transferaza (TdT) wykorzystywana jest do

tworzenia homopolimerowych ogonów na końcach fragmentów DNA (209)

116. EcoRI, BamHI, PstI należą do grupy

endonukleaz restrykcyjnych

117. Jedną z metod ochrony DNA bakteryjnego przez działaniem restryktazy jest

matylacja DNA

118. W wektorze plazmidowym pBR322 genami selekcyjnymi są

AMPR, TetR

119. Bakterie zawierające wektor pUC19 z wklonowanym insertem obcego DNA rosną na podłożu z dodatkiem

ampicyliny i hydrolizują dwucukier X-gal tworząc niebieskie kolonie (266)

120. Bakterie zawierające wektory posiadające gen oporności na ampicylinę produkują enzym

β-laktamazę (251, 245)

121. Poniższy schemat przedstawia ostatni etap klonowania DNA w wektorze

plazmidowym pBR322 (279)

122. Konkatamer to cząsteczka DNA powstająca podczas klonowania w wektorze

fagowym λ (291)

123. Rycina przedstawia schemat

wektora drożdżowego (wykład 4-80)

124. W celu określenia ekspresji genu metodą northern blot należy najpierw wyizolować z tkanek

całkowite RNA lub mRNA

125. W celu określenia ekspresji genu metodą RT-PCR należy najpierw wyizolować z tkanek

mRNA, a następnie wykonać odwrotną transkrypcję mRNA do CDNA

126. Urządzenie przedstawione na poniższym zdjęciu stosowane jest w metodzie

southern blot (wykład 14-61)?

127. Proces transkrypcji polega na przepisaniu informacji genetycznej w postaci sekwencji nukleotydów

z mRNA na cDNA

128. Które z wymienionych cząsteczek RNA występują tylko w organizmach eukariotycznych

snRNA, miRNA, siRNA?

129. W procesie wyciszania ekspresji genów bierze udział siRNA. Ta dwuniciowa cząsteczka wiąże się z

kompleksem białkowym RISC (366)

130. W metodzie RT-PCR skrót RT oznacza

proces odwrotnej transkrypcji

131. Produkty reakcji RT-PCR analizuję się prowadząc

elektroforezę produktu PCR na żelu agarozowym

132. Cząsteczki siRNA lub shRNA do komórek można wprowadzić metodą

elektroporacji (375)

133. Jakość wyizolowanego RNA można sprawdzić poprzez

sprawdzenie obecności prążków rRNA w żelu

134. Jaką funkcję pełni allolaktoza w regulacji ekspresji operonu laktozowego?

induktora

135. W operatorze tryptofanowym tryptofan pełni rolę

korepresora

136. Która z poniższych sekwencji promotora polimerazy RNA II nie jest modułem konstytutywnym?

sekwencja TATA

138. Przedstawiona charakterystyka opisuję etykietę

Etykietę, stanowiącą 8-aminokwasowy fragment rozpoznawany przez przeciwciała monoklonalne M1, M2 i M5, można usunąć poprzez trawienie enterokinazą FLAG-Tag

139. Do modyfikacji potranslacyjnych występujących u drożdży nie zalicza się

izopentylacji

140. W komórkach drożdży za rozpoznanie i kierowanie nieprawidłowo sfałdowanych białek do kanałów błonowych ER odpowiada

EDEM 1 i 2

141. Izolacja ciał inkluzyjnych u E. coli wymaga

usunięcia ścian komórkowych za pomocą lizozymu?

142. Aby zapobiec niespecyficznemu powstawaniu wiązań S-S podczas oczyszczania białek stosuję się

związki redukujące?

143. Rybonukleaza H może być stosowana do

wykrywania hybryd RNA: DNA (wykład 3-59)?

144. Egzonukleaza III posiada właściwość

wszystkie odpowiedzi są nieprawidłowe (169)?

145. Fosfataza alkaliczna należy do grupy

enzymów modyfikujących końce fragmentów kwasów nukleinowych (wykład 3-52)

146. Enzymem wykorzystywanym do łączenia fragmentów jedno- lub dwuniciowych cząsteczek DNA jest

ligaza DNA (wykład 3-20)

147. W wektorze pYAC3 genami selekcyjnymi są

Trpl1, Ura3/Sup4 (wykład 4-80)

148. W genomie jądrowym DNA genowy stanowi

25% (wykład 13-6)

149. Transkrypcja genów w komórkach organizmów eukariotycznych zachodzi w

euchromatynie (wykład 13-8)

150. Które stwierdzenie prawidłowo opisuję preferencyjne wykorzystanie kodonów?

pewne kodony dla aminokwasu są częściej wykorzystywane i specyficzność jest różna u różnych gatunków

151. Sekwencja najwyższej zgodności dla granic ekson-intron lub promotora genu to

sekwencja nukleotydów otaczających miejsca wycinania intronu i inicjacji transkrypcji (335)

152. Dlaczego poszukiwania ORF nie stosuję się do wyszukiwania genów kodujących cząsteczki funkcjonalnego RNA?

geny funkcjonalnych RNA zawierają introny, kóre czynią poszukiwanie ORF niemożliwym

153. Jaki jest cel przeprowadzania poszukiwań homologii sekwencji DNA?

ustalenie czy geny o podobnych sekwencjach są w bazach danych DNA

154. Która z poniższych jest prawidłową definicją syntenii?

konserwacja porządku genów w obrębie dwóch genomów (342)

155. Namnażanie mRNA techniką PCR nazywa się

PCR z odwrotną transkryptazą

156. Genami homologicznymi są geny, które

mają wspólnego ewolucyjnego przodka (wykład 13-39)

157. Dlaczego inaktywacja jest użyteczną techniką ustalania funkcji genu?

Inaktywacja genu dostarcza informacji o ekspresji genu